Sopra la porta maggiore si può ammirare il grandioso Organo.
Il primo organo del Duomo fu realizzato nel 1722 con materiale recuperato dall’organo esistente nell’antico Duomo, smontato prima della sua demolizione nel 1690.
Nel 1757 venne chiesto al grande maestro Pietro Nacchini di costruire un nuovo organo; questo fu poi ampliato nel 1781 dal grande maestro d’organi Gaetano Callido (1727-1813) nativo di Este e discepolo dello stesso Nacchini.
Fu ulteriormente elaborato nel 1873 da Giovanni Battista De Lorenzi secondo il gusto orchestrale ottocentesco. La ditta Malvestio nel 1915 lo modificò secondo le regole liturgiche emanate da papa Pio X.
Infine, fu rifatto interamente e diviso in due organi (uno maggiore sopra la porta centrale e uno minore in presbiterio) nel 1961 dai fratelli Ruffatti di Padova.
E’ composto da 4.364 canne, 13 campane, 70 registri sonori, 29 registri meccanici, 2 consolle a 4 tastiere con relativa pedaliera (una collocata sopra la porta centrale e l’altra in presbiterio). Il secondo Organo-Eco minore è inserito nel tamburo della cupola che si innalza in presbiterio ed è visibile solo da sotto il coro ligneo dell’abside.
La Cantoria lignea dell’Organo maggiore è opera recente in stile rococò del 1909. Realizzato dagli intagliatori Acerbi e Bullo di Venezia su disegno di Massimiliano Ongaro.